Jusqu’à la Révolution Française, les paroissiens de Bonrepos se rendaient jusqu’à l’église de Saint-Jean-de-Mongague au nord-est du village, à l’emplacement actuel du château d’eau. L’édifice, qui avait survécu aux évènements des Guerres de Religion (incendies par les huguenots en 1570 et 1593), dut être abandonné au début du 19^e siècle par faute d’entretien. On utilisa alors une des granges du château, transformée en espace cultuel pour l’occasion et consacrée à Saint Loup, patron de l’ancienne chapelle du Château détruite au 18^e siècle.
En 1891, une nouvelle église consacrée à Saint Loup fut bâtie. Les dépenses de construction s’élevèrent à 26 151.25 francs de l’époque. Selon le cadastre, elle fut installée sur un terrain provenant d’une acquisition de Monsieur de Bertier, alors Maire de la commune. Le premier curé qui officia dans ce nouveau lieu de culte fut Ambroise Jean Pierrre Lajous, né à Toulouse le 6 mai 1868.
Construite à la fin du 19^e siècle, l’architecture de l’église s’inspire de l’art gothique. Elle est implantée de façon que le chœur soit à l’est et le porche à l’ouest (principe de l’orientation de la lumière, donc du soleil, comme symbole du Christ).
L’édifice est entièrement construit en briques. Son porche est surmonté d’un clocher flèche contenant trois cloches, dont seules deux fonctionnent encore.

A gauche de l’entrée principale se trouve un bénitier en marbre rouge surmonté de la statue de Saint Joseph, et sur la droite une petite chapelle avec les fonts baptismaux en marbre blanc et une Vierge à l’oiseau (représentation assez rare de la Vierge).
Avant cette chapelle sous la statue de Sainte Germaine de Pibrac se trouve une châsse contenant une relique de la sainte.
La nef a une longueur d’environ 14 mètres. Sur le côté gauche se trouve la chaire en marbre blanc avec sculpture d’art gothique.
Le chœur, pavé de marbre rose et blanc, est séparé de la nef par une balustrade (la sainte table) en marbre rouge provenant très vraisemblablement des carrières de Caunes Minervois dans l’Aude exploitées depuis l'Antiquité et toujours en activité.
Le maître autel est, comme la chaire, de style gothique en marbre blanc. Il est surmonté d’un ciborium.
A droite dans le chœur on peut voir une statue en bois doré du XVIII^e siècle représentant sans doute Saint Laurent, premier diacre du pape Sixte II. Près de la statue, comme près de la majorité des statues de l'église, vous trouverez quelques précisions sur sa vie.
Le vitrail au levant représente le Christ Sauveur du monde, tenant le monde dans sa main gauche et le bénissant avec sa main droite. De chaque côté de ce vitrail il y a six vitraux représentant les 12 apôtres. Au couchant la rosace représente Saint Loup en évêque. Ils ont été créés et réalisés dans l’atelier toulousain sous la direction et la signature de Louis Victor Gesta, peintre-verrier toulousain (1828 - 1894). Chaque vitrail est un don privé. On peut lire le nom des donateurs au bas de chaque vitrail.
Chaque 15 août pour l’Assomption, au cours d’une messe précédée d’une procession dans le parc du château, une bénédiction est donnée aux familles sous le patronage de Notre Dame des Enfants, dont la statue se trouve à droite près de la chapelle contenant la statue du Sacré Cœur de Jésus. Sur le pilier de gauche vous pouvez voir une statuette représentant l’Enfant Jésus de Prague dont l’histoire de cette statuette mérite d’être connue.
La chapelle de gauche est consacrée à la Vierge Marie. A l’entrée à droite près du buste du Curé d'Ars se trouve une relique de Sainte Rose de Lima. Sur le mur extérieur la statue représentant notre Dame de Lourdes provient du château acquis en décembre 2007 par la mairie de Bonrepos-Riquet.