La disparition prématurée de l’inventeur du Canal fut préjudiciable au projet, et faillit remettre en cause son achèvement. Riquet laissa en effet à ses enfants une situation passablement difficile : un canal inexploitable et de lourdes dettes induites par la construction du Canal et les droits de succession. Ses fils, Jean-Mathias (1638-1714) et son cadet Pierre-Paul II (1646-1730), firent énergiquement face aux difficultés, et parvinrent à terminer l’œuvre de leur défunt père. Le 19 mai 1681, sur une grande barque d’honneur, les commissaires du Roi, les membres des Etats Généraux et les Riquet inaugurèrent le Canal Royal du Languedoc. Ce vaste chantier ne fut clos pour un temps que quelques mois plus tard.
Jean-Mathias de Riquet, titulaire du fief et détenteur de la part majoritaire du Canal, s’attacha aussi à rendre à sa famille l’intégralité de la propriété du Canal, détenue pour partie par les créanciers de son père. Il y parvint en 1710 au prix d’importants versements qui furent rendus possibles grâce aux revenus considérables générés par l’exploitation commerciale de la nouvelle voie d’eau. Vers 1730, ce fut son second fils, Jean-Gabriel Amable (1709-1791) qui, héritant du Domaine de Bonrepos-Riquet où il entreprit d’importants travaux d’embellissement, devint le nouveau gestionnaire du Canal du Midi. Agissant au nom des Riquet et en particulier de son frère ainé, Victor-Pierre François (1698-1760), Comte de Caraman, il instaura une première administration au Canal en nommant un Directeur Général et en procédant à une division géographique en six « départements » de l’ensemble.
Jean-Gabriel Amable, Procureur Général du Roi, instruit à charge en 1762 le procès de Jean Calas, rendu célèbre dans l’Histoire par l’intervention de Voltaire. En février 1763, Monseigneur Lamonie de Brienne, Archevêque de Toulouse, séjourna à Bonrepos où il fut accueilli dans la « chambre neuve » de la demeure. Le Domaine de Bonrepos-Riquet devint pour un temps un observatoire du ciel et de la terre : le savant ariégois Jacques Vidal, ami de Jean-Gabriel Amable, lui-même curieux d’astronomie, y étudia la planète Mercure et le nivellement du Pic du Midi à partir de 1769. La fille du seigneur de Bonrepos, Dorothée Etiennette de Riquet, épousa en secondes noces Emmanuel de Cambon (1737-1807) qui devint en 1787 Premier Président du Parlement de Toulouse. Refusant de livrer son mari alors recherché, elle fut jugée par le Tribunal Révolutionnaire de Paris et guillotinée le 8 Thermidor de l’an II (27 juillet 1794), la veille de la mort de Robespierre. C’est son fantôme sans tête qui hanterait aujourd’hui le château familial. De leur côté, les Riquet de Caraman s’exilèrent à l’étranger en 1791. Le Canal du Midi ne fut que partiellement nationalisé (loi sur les Emigrés) en raison du maintien des Riquet de Bonrepos en France. Ce fut à partir de cette part minoritaire que la famille recouvra la quasi-totalité de leur ancien fief vers 1898, date de l’acquisition définitive du Canal par l’Etat.
Le Domaine de Bonrepos-Riquet fut habité sans interruption par les Riquet jusqu’en 1836, date où il fut vendu aux enchères. En 1867, il fut racheté par une descendante de Pierre-Paul Riquet, la Comtesse de Berthier Montrabe dont le fils devint Maire de Bonrepos entre 1888 et 1916. La veuve de ce dernier céda le domaine en 1931. Le Domaine de Bonrepos-Riquet quitta alors définitivement le giron familial.